Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa trong 3 năm đầu thành lập – Từ nghị quyết số 68-NQ/TW đến thực tiễn áp dụng

1. Đối tượng, điều kiện được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp

Căn cứ theo Khoản 3 Điều 7 Nghị định số 20/2026/NĐ-CP, quy định miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm đầu áp dụng đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu.

– Thứ nhất, doanh nghiệp đăng ký kinh doanh lần đầu là doanh nghiệp mới, lần đầu tiên được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp và không thuộc các trường hợp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.

Ngoài ra lưu ý các trường hợp loại trừ không được áp dụng ưu đãi: doanh nghiệp thành lập mới mà có người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người đại diện theo pháp luật không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã tham gia hoạt động kinh doanh với vai trò là người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất trong các doanh nghiệp đang hoạt động hoặc đã giải thể nhưng chưa được 12 tháng tính từ thời điểm giải thể doanh nghiệp cũ đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới.

– Thứ hai, thuộc doanh nghiệp nhỏ và vừa, được xác định dựa trên hai tiêu chí (i) Số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm và (ii) Tổng doanh thu của năm hoặc tổng nguồn vốn của năm. Cụ thể theo Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa năm 2017 và hướng dẫn tại Nghị định số 80/2021/NĐ-CP như sau:

2.  Thời gian được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp

–  Theo quy định tại Điều 7 Nghị định số 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu “Được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu”.

Như vậy, chính sách ưu đãi miễn thuế TNDN đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa được áp dụng 03 năm liên tục từ năm đầu tiên đăng ký thành lập, không phụ thuộc vào việc doanh nghiệp đã có thu nhập chịu thuế hay chưa. Đây là một điểm khác biệt so với quy định tại Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 (Luật Thuế TNDN): Thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư, trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 03 năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ 04 (Điều 14)

–  Tuy nhiên, xuất phát từ thực tế các doanh nghiệp nhỏ và vừa trong năm đầu tiên mới thành lập có thể chưa có lợi nhuận, pháp luật đã có quy định dự phòng cho phép doanh nghiệp được lựa chọn thời gian bắt đầu áp dụng miễn thuế. Cụ thể, tại Điều 7 Nghị định số 20/2026/NĐ-CP: Trường hợp trong kỳ tính thuế đầu tiên mà doanh nghiệp nhỏ và vừa có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế dưới 12 tháng thì được lựa chọn hưởng miễn thuế, giảm thuế theo quy định tại Nghị định này ngay từ kỳ tính thuế đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được miễn thuế, giảm thuế từ kỳ tính thuế tiếp theo. Kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp được xác định theo năm dương lịch hoặc năm tài chính do doanh nghiệp lựa chọn (Điều 5 Luật Thuế TNDN).

Với quy định mang tính thực tiễn cao này, pháp luật đã tạo điều kiện cho doanh nghiệp được lựa chọn thời gian áp dụng tối ưu quyền lợi ưu đãi nhất. Các doanh nghiệp lưu ý điểm này, căn cứ trên kết quả hoạt động kinh doanh và tình hình thực tế năm đầu tiên để tính toán, xem xét đăng ký với cơ quan thuế lùi thời gian bắt đầu được miễn thuế sang kỳ tính thuế tiếp theo, tránh bị lãng phí thời gian ưu đãi cho kỳ đầu tiên chưa có thu nhập chịu thuế.

–  Lưu ý chuyển tiếp: Trường hợp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp đã được cấp trước ngày 17/05/2025 (thời điểm Nghị quyết số 198/2025/QH15 có hiệu lực thi hành) mà còn thời gian áp dụng ưu đãi (03 năm từ ngày cấp) thì doanh nghiệp tiếp tục được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại.

3. Có phải mọi thu nhập của doanh nghiệp đều được miễn thuế không?

– Câu trả lời là Không. Theo Khoản 3 Điều 7 Nghị định số 20/2026/NĐ-CP, ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm đầu không áp dụng đối với các khoản thu nhập quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN, cụ thể như sau:  

• Thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản (trừ thu nhập từ đầu tư xây dựng nhà ở xã hội để bán, cho thuê, cho thuê mua đối với các đối tượng được hưởng chính sách hỗ trợ về nhà ở xã hội); thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư (trừ chuyển nhượng dự án chế biến khoáng sản), chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản; thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh ở ngoài Việt Nam;
• Thu nhập từ hoạt động tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí, tài nguyên quý hiếm khác và thu nhập từ hoạt động thăm dò, khai thác khoáng sản;
• Thu nhập từ sản xuất, kinh doanh trò chơi điện tử trên mạng; thu nhập từ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt, trừ dự án sản xuất, lắp ráp ô tô, máy bay, trực thăng, tàu lượn, du thuyền, lọc hóa dầu.

Doanh nghiệp cần lưu ý nắm rõ các khoản thu nhập loại trừ không được ưu đãi miễn thuế trên, để thực hiện việc theo dõi, hạch toán riêng trong trường hợp doanh nghiệp có các khoản thu nhập thuộc nhóm, để tránh rủi ro bị cơ quan Nhà nước truy thu và xử phạt vi phạm sau này.

4. Thủ tục để doanh nghiệp được hưởng ưu đãi

– Pháp luật không quy định một quy trình cụ thể để cấp một văn bản xác nhận doanh nghiệp thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi. Thay vào đó, doanh nghiệp sẽ tự đối chiếu các quy định về “doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu” (như đã nêu ở Mục 1 trên), nếu xác định doanh nghiệp mình đủ điều kiện hưởng ưu đãi miễn thuế theo quy định thì tự kê khai trong kỳ tính thuế áp dụng và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của nội dung kê khai.

– Tại Điều 18 Luật Thuế TNDN quy định rõ: “Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế thì cơ quan có thẩm quyền thực hiện truy thu thuế và xử phạt vi phạm theo quy định của pháp luật.” Theo đó, khi thực hiện tự kê khai, doanh nghiệp cần lưu ý các trường hợp :

• Trường hợp gộp nhầm doanh thu không được hưởng ưu đãi: Nếu cơ quan thuế phát hiện doanh nghiệp kê khai phần doanh thu không được miễn thuế vào diện miễn thuế, doanh nghiệp sẽ bị bãi bỏ ưu đãi đối với phần doanh thu kê khai sai , hậu quả có thể bị truy thu số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp tương ứng với phần thu nhập kê khai sai đó, đồng thời có thể bị tính thêm tiền chậm nộp và phạt vi phạm hành chính.
• Trường hợp đang trong thời gian hưởng ưu đãi mà doanh nghiệp phát triển vượt ngưỡng quy mô doanh nghiệp nhỏ và vừa: Nếu trong thời gian ưu đãi mà doanh nghiệp có sự biến động các chỉ số về số lao động và tổng doanh thu hoặc tổng nguồn vốn vượt quá quy mô doanh nghiệp nhỏ và vừa theo quy định, thì doanh nghiệp sẽ không còn thuộc đối tượng hưởng ưu đãi.Trong trường hợp này, doanh nghiệp lưu ý chủ động tính toán, kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất bình thường cho khoảng thời gian không được hưởng ưu đãi. Nếu doanh nghiệp “im lặng” tiếp tục hưởng ưu đãi, dù vô ý hay cố ý thì đều có thể phải đối mặt với nguy cơ bị cơ quan thuế phát hiện, truy thu thuế, tiền chậm nộp và thậm chí bị xử phạt vi phạm hành chính.

– Ngoài ra, doanh nghiệp cũng lưu ý việc được miễn thuế không đồng nghĩa với miễn nghĩa vụ kê khai. Trong suốt thời gian 03 năm được hưởng ưu đãi, doanh nghiệp vẫn có nghĩa vụ lập và nộp đầy đủ các tờ khai , báo cáo tài chính định kỳ, đúng thời hạn quy định. Việc chậm nộp tờ khai vẫn sẽ bị cơ quan Nhà nước xử phạt vi phạm hành chính như các doanh nghiệp không được miễn thuế.

5.     Các chính sách ưu đãi khác về thuế thu nhập doanh nghiệp

Bên cạnh ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm đầu tiên dành cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu, pháp luật còn có các quy định khác về miễn, giảm thuế TNDN cho doanh nghiệp:

(i)    Ưu đãi theo Luật Thuế TNDN: Các chính sách ưu đãi thuế suất hoặc miễn thuế, giảm thuế như sau:

– Áp dụng thuế suất ưu đãi (Điều 13): Mức thuế ưu đãi 10%, 15%, 17% được áp dụng có thời hạn (đối với thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới thuộc ngành nghề hoặc địa bàn ưu đãi) hoặc không thời hạn (thu nhập của doanh nghiệp từ hoạt động thuộc ngành, nghề hoặc địa bàn ưu đãi).

• Ưu đãi theo địa bàn: Các địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội khó khăn, đặc biệt khó khăn, khu kinh tế, hoặc khu công nghệ cao v.v….
• Ưu đãi theo ngành nghề, lĩnh vực: Các ngành nghề lĩnh vực đặc biệt khuyến khích như: Ứng dụng công nghệ cao, đầu tư mạo hiểm cho phát triển công nghệ cao; Sản xuất sản phẩm phần mềm; Sản xuất năng lượng tái tạo, năng lượng sạch, năng lượng từ việc tiêu hủy chất thải; Đầu tư phát triển nhà máy nước, nhà máy điện, hệ thống cấp thoát nước v.v.

– Miễn, giảm thuế trong thời hạn quy định đối với thu nhập của doanh nghiệp thuộc các nhóm theo quy định:

• Miễn thuế tối đa 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá 09 năm tiếp theo;
• Miễn thuế tối đa 02 năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá 04 năm tiếp theo.

– Các chính sách miễn, giảm thuế TNDN khác:

• Doanh nghiệp sản xuất, xây dựng, vận tải sử dụng nhiều lao động nữ/lao động là người dân tộc thiểu số được giảm thuế thu nhập doanh nghiệp bằng số chi thêm cho lao động nữ/số chi thêm cho lao động là người dân tộc thiểu số.
• Doanh nghiệp thành lập mới từ hộ kinh doanh được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 02 năm liên tục kể từ khi có thu nhập chịu thuế (có tổng doanh thu năm không quá 50 tỷ đồng) v.v.

(ii)   Hỗ trợ thuế theo Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa số 2017

Theo Điều 10 Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp nhỏ và vừa “được áp dụng có thời hạn mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp thấp hơn mức thông thường theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp”.

Dẫn chiếu theo Khoản 2, 3 – Điều 10 Luật Thuế TNDN 2025:

• Thuế suất 15% áp dụng đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 03 tỷ đồng;
• Thuế suất 17% áp dụng đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm từ trên 03 tỷ đồng đến không quá 50 tỷ đồng.

(iii)  Ưu đãi đối với doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo

Theo Nghị quyết số 198/2025/QH15 và Nghị định số 20/2026/NĐ-CP, đối với nhóm Doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, Công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo và Tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo được hưởng các chính sách như:

• Miễn, giảm thuế đối với thu nhập từ hoạt động khởi nghiệp: Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời hạn 02 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 04 năm tiếp theo đối với phần thu nhập phát sinh từ hoạt động khởi nghiệp đổi mới sáng tạo.
• Miễn thuế đối với hoạt động chuyển nhượng vốn, cổ phần: Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các khoản thu nhập phát sinh từ việc chuyển nhượng cổ phần, phần vốn góp, quyền góp vốn, quyền mua cổ phần, hoặc quyền mua phần vốn góp vào các doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo.

Tài liệu tham khảo

– Nghị quyết số 68-NQ/TW ngày 04/5/2025 của Bộ Chính trị về phát triển kinh tế tư nhân;

– Nghị quyết số 198/2025/QH15 ngày 17/5/2025 của Quốc hội về một số cơ chế, chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân;

– Nghị định số 20/2026/NĐ-CP ngày 15/01/2026 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Nghị quyết số 198/2025/QH15 ngày 17/5/2025 của Quốc hội về một số cơ chế, chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân;

– Luật Doanh nghiệp số 59/2020/QH14 ngày 17/6/2020;

– Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 ngày 14/6/2025;

– Luật Hỗ trợ Doanh nghiệp nhỏ và vừa số 04/2017/QH14 ngày 12/6/2017;

– Nghị định số 80/2021/NĐ-CP ngày 26/8/2021 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa.